IGOR Pro è un ambiente interattivo di straordinaria potenza adatto per scienziati e ingegneri per la creazione di grafici, per l’analisi di dati e per la programmazione.
Con IGOR Pro installato sul computer Mac o Win, si rende disponibile uno strumento per la produzione di grafici scientifici di qualità giornalistica, per la gestione con grande semplicità di grandi set di dati e per l’importazione di dati da numerosi formati di file. Utilizzando IGOR Pro su di un computer collegato agli strumenti di analisi si possono acquisire direttamente i dati nel suo ambiente di sviluppo, controllarli in tutti gli aspetti e prepararli per un’analisi immediata o successiva. IGOR Pro non necessita di alcuna conoscenza di programmazione; molte delle funzionalità sono disponibili utilizzando i menù standard, le finestre di dialogo e il mouse. Se invece è richiesto un utilizzo avanzato delle funzioni, IGOR Pro può essere completamente personalizzato attraverso il suo ambiente di programmazione interno; inoltre, può essere esteso con codice esterno scritto in C.

La più importante innovazione della versione 6.1 è l’utilizzo di un codice più moderno per la creazione dei grafici, delle tabelle e dei layout delle pagine. Nella versione per Macintosh questo coinvolge il radicale cambiamento dell’utilizzo delle routine Apple Quartz al posto di quelle QuickDraw.
Nella versione per Windows viene utilizzato un codice più avanzato che sfrutta alcune routine GDI+ invece di GDI.

Altri cambiamenti della nuova versione sono:
· Rotated text (annotations, tick labels, etc) in one degree increments.
· New SQL XOP.
· Notebook subwindows can be embedded in control panels.
· Igor now also loads extensions, procedures, and help files from a new "Igor Pro User Files" folder, whose location guarantees write access by the user even if they don't have administrator privileges.
· Improved Multi-peak Fitting and Ternary Plot packages.
· Macintosh only: PDF export and long file names.

La nuova versione 6.1 può essere scaricata gratuitamente dai titolari di licenza della versione 6.0.

CLC Bio offre software bioinformatici unici e innovativi a supporto dell’attività di ricerca biochimica e di biologia molecolare nei laboratori di società farmaceutiche e biotecnologiche, ospedali e università in tutto il mondo.

CLC Main Workbench 5.1 è la completa suite che raccoglie tutte le funzionalità dei tre software dedicati per l’analisi delle sequenze DNA, RNA e Proteiche.

Scegliendo CLC Workbench il ricercatore avrà i seguenti vantaggi:
accesso a un grande numero di integrati tool per la ricerca genetica, semplificazione del lavoro quotidiano, utilizzo di strumenti bioinformatici in continua evoluzione, totale personalizzazione dell’ambiente di lavoro, sfruttamento delle ultime tecnologie HPC.

Le nuove caratteristiche della versione 5.1 sono:
· Implementations of statistical tests for comparing expression levels of count-based expression measures as may be produced in RNA-seq
o Kal's test for differences of proportions in single sample to single sample comparisons.
o Baggerley's test for differences of proportions in two groups with replicates comparisons.
· "Reverse Contig" has been renamed to "Reverse Complement Contig." Functionality is un-changed.
· Exporting coverage graph to csv file now has an option to include or exclude gaps.
· Import of Illumina expression bead arrays and bead array annotation files
· Import of Affymetrix Chp files (CHP / PSI)
· Transformation of expression values now supports square root transformation.
· Better feedback on processes: there is a tool tip showing details and start time.
· Translation of DNA to protein in sequence views can now be set to follow existing CDS/ORF annotations.
· Much improved memory performance and processing time of large data sets
· Improved performance when handling trace data. Trace now take up 50 % less disk space.
· Output and error log files are now placed in the application data directory in the user home

CLC Genomics Workbench 3.6 è lo strumento rivoluzionario che stabilisce il nuovo standard per eseguire l'assembly di base o de novo di sequenze di dati prodotte da macchine SOLiD, Solexa, 454, e Helicos.

CLC Genomics Workbench offre un impressionante velocità di elaborazione combinata con la visualizzazione chiara e semplice dei risultati; l’interfaccia grafica utente è la stessa di tutti i software CLC Bio: è possibile effettuare analisi avanzate, combinate con una semplice e strutturata gestione dei dati e un’eccellente visualizzazione grafica degli output.
Le avanzate funzionalità del software, che integra algoritmi velocissimi, strutturati e ad alte prestazioni, lo rendono la più potente applicazione oggi disponibile.

La nuova versione 3.6 offre numerosi importanti miglioramenti:
- A full module for doing Tag-based transcriptomics
- The ChIP-Seq functionality (chromatin immunoprecipitation sequencing), new in version 3.5, has been improved to allow our user to use control samples when doing peak detection.
- A new extract contig action that allows users to extract a subset of an assembly result
- The possibility of importing NGS data without names and quality scores.
- Significant improvements in handling a large number of contigs
- Significant improvements in RNA sequencing analysis

Intel® Parallel Studio è una suite di strumenti perfettamente integrata con Microsoft Visual Studio* C/C++ che consente di parallelizzare i progetti con la massima semplicità. Analisi, compilazione, debugging, controllo degli errori e tuning permettono di realizzare applicazioni multicore estremamente ottimizzate.

Intel Parallel Studio permette di focalizzarvi sui 3 concetti fondamentali della programmazione multithread:

• Scalabilità: grazie all’uso di librerie e algoritmi ottimizzati presenti nel Parallel Composer, si può essere sicuri che il codice andrà bene sia per i processori attuali che per i processori del futuro, consentendovi di ottenere prestazioni adeguate con il crescere dei core disponibili, creando un codice scalabile dal multicore attuale al manycore del futuro.
  
• Correttezza: gli algoritmi implementati dagli ingegneri Intel permettono di concentrarsi sul codice, senza doversi preoccupare dei problemi più comuni del codice multithread; Race condition o Deadlock sono facilmente individuabili e aggirabili grazie al debug del Parallel Inspector.
  
• Mantenimento: programmare con un alto livello di astrazione consente di spendere meno energie nel mantenimento o nell’ottimizzazione del codice. Grazie all’utilizzo delle librerie Intel, è possibile semplicemente aggiornare la libreria per avere un codice ottimizzato per i processori più attuali. Inoltre, grazie a Parallel Inspector, permette di correggere eventuali errori di programmazione e ottimizzare il codice in modo da ottenere le massime prestazioni indipendentemente dall’hardware su cui girerà la vostra applicazione.

Intel Parallel Studio include: Parallel Composer, Parallel Inspector e Parallel Amplifier in un’unica soluzione.

• Intel Parallel Composer: fornisce una nuova serie di opzioni per lo sviluppo di codice parallelo: la combinazione di compilatori, librerie e del debugger parallelo rendono facile e veloce la creazione di codice Multithreading per applicazioni seriali o parallele agli sviluppatori Microsoft Visual Studio C/C++.
  
• Intel Parallel Inspector: il più facile strumento di ricerca degli errori per i programmatori in C/C++ di Microsoft Visual Studio. A differenza di altri strumenti analoghi, Parallel Inspector è più veloce e ha un metodo molto più comprensivo per individuare errori di memoria e latenze di multithreading.
  
• Intel Parallel Amplifier: profilatore di threading e di performance per sviluppatori di Microsoft Visual Studio* C/C++ che hanno bisogno di capire il comportamento parallelo di una applicazione per migliorare la scalabilità.
  Intel® Parallel Amplifier semplifica e velocizza la ricerca dei colli di bottiglia ottimizzando le performance sui processori multicore senza bisogno di conoscere l’architettura del processore o il codice macchina. Sintonizzare per ottimizzare le performance, garantisce il completo utilizzo dei core disponibili.
  
• Intel Parallel Studio Advisor Lite: plug-in per Intel® Parallel Studio, è un potente e pratico strumento che aiuta gli sviluppatori a determinare dove i codici sorgenti esistenti possono beneficiare del parallelismo.

Intel® C++ e Fortran Compilers 11.1 Professional for Windows, Linux and Mac OsX/Intel

Ottieni il massimo dai più avanzati sistemi multi-core.

I compilatori C++ e Fortran Intel, possono inserire automaticamente threading all’interno del’applicazione sviluppata.
Le caratteristiche dei compilatori permettono un ricco controllo grazie all’utilizzo delle tecniche industriali di threading standard quali OpenMP e all’introduzione automatica di threading con auto-parallelizzazione.
Questo supporto al threading rende i compilatori Intel la scelta perfetta per lo sviluppo parallelo e il raggiungimento di performance eccezionali.

Il C++ Intel è il compilatore C++ più performante al mondo; ottimizzato per applicazioni con attività di loop intensive, include le Intel Performance Libraries e Threading Building Blocks.
Grazie al C++ Intel le applicazioni sviluppate con altri compilatori C++ potranno essere ottimizzate con estrema semplicità per gli ultimi processori multi-core.

Il Fortran Intel è il più venduto compilatore Fortran al mondo. Il software è un completo compilatore Fortran 95 con caratteristiche del Fortran 2003 standard, e un’ampia gamma delle più popolari estensioni. In particolare, inoltre, il Visual Fortran per Windows include il Microsoft Visual Studio 2005 Premier Partner Edition.

Numerosi sono i miglioramenti della nuova versione 11.1 rilasciata per i sistemi Windows, Linux e Mac OsX/Intel
• Support for the recently announced Intel® Xeon 5500 and Intel® Core i7 processors and SSE extensions
• Parallel Lint, a subset of the Source Checker to help check for OpenMP parallelzation correctness
• Improved Intel® Parallel Debugger Extension
• Support for Intel® AVX (Larabee) to enable early software optimization for Intel’s next generation 256-bit CPU instruction set

Integrated Performance Primitives 6.1 for Windows, Linux e Mac OS/Intel

Le librerie Intel forniscono funzioni software ottimizzate per applicazioni matematiche e multimediali, che permettono di aggiungere il parallelismo alle applicazioni. Molte di queste funzioni sono pre-threaded e tutte sono thread-safe e questo le rende adatte all’implementazione in software threaded.
Queste librerie liberano gli sviluppatori dall’obbligo di scrivere versioni diverse di codice per i differenti processori, fornendo un’interfaccia API semplice ma consistente che può lavorare su differenti architetture.

Le Integrated Performance Primitives (IPP) sono librerie cross-platform che forniscono funzioni nei seguenti domini: Audio, video, and image codecs, Signal processing, Speech codec and recognition, Cryptography, Computer vision and recognition, Matrix and vector math processing, String processing.

La nuova versione 6.1 è ottimizzata per gli ultimi processori Intel

Math Kernel Library 10.2 for Windows, Linux e Mac OS/Intel

Le Math Kernel Library (MKL)forniscono agli sviluppatori un set di funzioni matematiche threaded per applicazioni ingegneristiche, scientifiche e finanziarie che richiedono il massimo delle performance.

La nuova versione 10.2 offre i seguenti miglioramenti:
- Performance improvements in the BLAS (32-bit and 64-bit); improvements in the direct spare solver (DSS/PARDISO)
- Performance improvement on the Intel® Core™ i7 processor family, optimized Vector Math Library functions, and much more
- A new capability to track the progress of a lengthy computation and/or interrupt it has been added via a callback function mechanism
- Additional functionality such as transposition functions, an implementation of the boost uBLAS matrix-matrix multiplication, and many more functions

Intel® Cluster Toolkit 3.2.1

In un unico pacchetto sono disponibili i potenti tool Intel per sistemi cluster.
E' possibile avere a disposizione, con un'unica installazione, un'unica licenza e a un prezzo estremamente vantaggioso, i migliori tool per ottimizzare le performance di programmazione su sistemi cluster con processori Intel: Intel MPI Library, Intel® Math Kernel Library, Intel® Trace Analyzer and Collector, Intel® MPI Benchmarks.

Nella nuova versione 3.2.1 tutti i tool contenuti nel Cluster Toolkit sono stati aggiornati e ottimizzati per offrire le massime performance per lo sviluppo software su cluster Linux o Winodws Computer Cluster Servier (CCS).

Lahey ha rilasciato la nuova versione 7.2 del compilatore LF Fortran, il software che integra il linguaggio Fortran .NET e il leggendario Lahey LF 95 per Windows nell'ambiente di sviluppo Microsoft Visual Studio.

Grazie a questo ambiente di sviluppo è possibile avvantaggiarsi delle componenti .NET per creare applicazioni e servizi .NET in Fortran, generare codice nativo Win32 e lavorare direttamente in Microsoft Visual Studio, l'ambiente di sviluppo standard di mercato.

Per soddisfare le necessità di utenti di diverso livello LF Fortran v7.2 è disponibile in due versioni: Express e Professional.

Winteracter è il miglior GUI (Graphical User Interface) toolset per compilatori Fortran. Winteracter è disponibile per Win32 e Unix/Linux su sistemi Intel, Alpha e Sparc.
Supporta un’ampia gamma di compilatori Fortran 9x e offre i seguenti vantaggi: creazione di moderne applicazioni GUI utilizzando il proprio compilatore Fortran; programmazione strutturata tra diversi compilatori Fortran; non necessita di accesso API di basso livello; disponibilità di un’ampia gamma di strumenti visuali; disponibilità di liste di semplici nomi e argomenti per la stesura di codice leggibile e di facile manutenzione.

Il software è ora compatibile con le ultime versioni dei compilatori Fortran Intel 11.1.

Le Applications sono dei moduli add-on di Mathematica creati da Wolfram Research o società terze che permettono di semplificare il lavoro in determinati settori/argomenti.

Le seguenti applicazioni sono ora compatibili con Mathematica 7.


Neural Networks 1.1

Le reti neurali artificiali hanno rivoluzionato il modo in cui i ricercatori risolvono molti problemi complessi e reali in ingegneria, scienza, economia e finanza. Il modulo Neural Networks sfrutta la potenza di calcolo e la flessibilità di Matematica per aiutare a utilizzare al meglio questa tecnologia d’avanguardia.
Neural Networks fornisce ai professionisti e agli studenti lo strumento per apprendere, visualizzare e validare modelli di reti neurali.

Supporta un ampio set di strutture di reti neurali, incluse: radial basis function, feedforward, dynamic, Hopfield, perceptron, vector quantization, unsupervised, e Kohonen networks.
Implementa algoritmi all’avanguardia come Levenberg-Marquardt, Gauss-Newton, e steepest descent.
Neural Networks include, inoltre, funzioni speciali per risolvere problemi tipici nell’analisi di dati: l’approssimazione delle funzioni, la classificazione e la scoperta, il clustering, le serie temporali non lineari e problemi d’identificazione di sistemi non lineari.

Neural Networks è adatto sia per i professionisti che per gli utenti inesperti. Le palettes interne del sistema facilitano l’inserimento di ogni parametro per l’analisi, la valutazione e per l’istruzione dei dati.
La documentazione on-line contiene numerosi d’esempi dettagliati che dimostrano diversi modelli di reti neurali.
E’ possibile quindi risolvere svariati problemi semplicemente applicando i comandi di esempio ai propri dati.
Neural Networks fornisce inoltre numerose opzioni per modificare gli algoritmi originali.
I valori di default sono stati impostati per ottenere buoni risultati per una grande varietà di problemi, ciò consente d’iniziare velocemente usando solamente pochi comandi.
Acquisendo esperienza, sarà possibile personalizzare gli algoritmi per migliorare le prestazioni, la velocità e l’accuratezza dei modelli di reti neurali creati.

Con Neural Networks 1.1 e Mathematica 7 si ha accesso a un robusto ambiente di modellazione che permette di testare ed esplorare i modelli di reti neurali più facilmente e velocemente che mai.


Geometrica09

Geometrica09 è una enciclopedia per la geometria che utilizza il motore di calcolo simbolico di Mathematica.
La geometria euclidea è ampiamente coperta sia in due che in tre dimensioni. Le entità geometriche sono rappresentate sistematicamente tramite le loro coordinate cartesiane o le forme parametriche, e definite da una varietà di funzioni euclidee. Oggetti basici come linee, piani, coniche e quadriche, vengono manipolate utilizzando le loro equazioni cartesiane.
La geometria differenziale è trattata attraverso le forme parametriche di un oggetto.
Geometrica è utilizzata da insegnanti matematici a livello di scuole superiori e università, da ricercatori per il disegno esatto di diagrammi di qualsiasi complessità, e da progettisti grafici, architetti e ingegneri per applicazioni CAD.


Financial Essentials 1.2.2: progettare e analizzare sistemi finanziari proprietari
Financial Essentials è progettato specificatamente per gli operatori di borsa, i gestori di portafogli finanziari, di fondi di investimento e di patrimoni e per chiunque ricopre ruoli nella finanza con compiti critici nell'analisi dei dati e la progettazione di strategie.

Grazie a questo tool è possibile costruire rapidamente applicazioni proprietarie personalizzate, testare e valutare negoziazioni e strategie di copertura e valutare assetti finanziari utilizzando il modello CAPM.

Financial Essentials fornisce una libreria base di oggetti finanziari (es. flusso di cassa, option, bond e tassi d'interesse) e di funzioni (tassi di conversione sia spot che a termine, valutazione delle opzioni e misure di sensibilità) e mostra come poter applicare tutto questo efficacemente. Gli esempi aiutano a calcolare semplicemente un efficiente portafoglio Markowitz e calcolare le medie mobili.

Gli strumenti e gli esempi in Financial Essentials, si combinano con il linguaggio di sviluppo di alto livello di Mathematica, e permettono di abbattere i costi e di rendere i modelli più produttivi.
La potenza dell'ambiente Mathematica fornisce calcoli veloci e accurati e analisi grafiche per tutti i tipi di dati finanziari; i dati possono essere importati dai database esistenti, da fogli di calcolo o perfino da altri software proprietari.
Il pacchetto arriva con una documentazione elettronica che è completamente integrata con Wolfram Mathematica Documentation Center.


Operations Research 5: risoluzione di una vasta gamma di problemi di ottimizzazione.
Operations Research è un pacchetto add-on di Mathematica per la risoluzione di problemi di ottimizzazione lineare, programmazione quadratica, algoritmo del percorso più corto e ottimizzazione combinatoria ed euristica. Con Operations Research e Mathematica è possibile risolvere vasta gamma di problemi tipici affrontati nei corsi universitari o quotidianamente nel lavoro pratico e permette di modellare e risolvere problemi d'ottimizzazione in modo estremamente conveniente e interattivo.

Operations Research è costituito da cinque pacchetti di file che sono richiamati dal pacchetto principale OperationsResearch.m.
La documentazione, completamente compatibile con Mathematica 7, include una grande selezione di notebook d'esempio di problemi tipici che possono essere risolti con Operations Research. Questa collezione di notebook è utile come guida per la gestione di un'ampissima gamma di problemi di ottimizzazione.